A középpályásként megfordult Michael Johnson korábban a Leeds United, az Everton, a Liverpool és a Feyenoord után tért vissza a Manchester Cityhez, ahol 2006-ban robbant be a felnőttcsapatba. Sven-Göran Eriksson akkori vezetőedző Anglia következő nagy tehetségének nevezte az U21-es válogatottbeli teljesítménye után, míg Didi Hamann a legteljesebb fiatal játékosnak tartotta, akit valaha látott. Johnson pályafutását azonban súlyos hasizomsérülések, emiatt hosszas kihagyások, valamint mély önbizalomhiány árnyékolták be.
A játékos a The Athleticnek adott, 2020 júliusi nyilatkozatában elmondta, hogy állandó belső válsággal küzdött, és az alkohollal is meggyűlt a baja, miután három hónapon belül kétszer is ittas vezetésen érték, amiért összesen 5500 font pénzbírságot kapott, és három évre eltiltották a vezetéstől. Később segítségért fordult, és a Priory klinikára ment.
A Manchester Cityben utoljára 2009 októberében lépett pályára egy Scunthorpe elleni, 5-1-re megnyert Ligakupa-mérkőzésen, a klub pedig 2013 januárjában bontotta fel a szerződését. A visszavonulása után ingatlanügynökként, bérbeadóként és amerikai autók kereskedésével is foglalkozó Johnson úgy nyilatkozott, a labdarúgás abbahagyása megkönnyebbülést jelentett számára, mert egészségének helyreállítása volt a helyes döntés.
