Miután 2016-ban visszavonult a labdarúgástól, Arteta a Manchester Citynél kezdett el edzőként dolgozni honfitársa, Pep Guardiola irányítása alatt. Három évet töltött el az Etihad Stadionban, ez idő alatt a City kétszer nyerte meg a Premier League-et, valamint elhódított két Ligakupát és egy FA-kupát. Azonban a vezetőedzői posztra vágyva visszatért ahhoz a klubhoz, ahol játékoskarrierjét befejezte.
Az Arsenal az Unai Emery távozása és Freddie Ljungberg ötmérkőzéses ideiglenes vezetőedzői időszaka után a tizedik helyen sínylődött a tabellán. Amikor Arteta 2019-ben az Arsenalhoz igazolás küszöbén állt, Guardiola óvatos nyilatkozatot tett, rávilágítva a klub korábbi hanyatlására. Guardiola akkor úgy fogalmazott, hogy az Arsenal az elmúlt húsz évben mindig a legjobb csapatok közé tartozott, és bár az utóbbi években küszködtek, reméli, hogy a klub döntései jobbá teszik őket, miközben kiemelte Arteta szakmaiságát és emberi tulajdonságait.
Arteta döntése végül bölcsnek bizonyult, mivel megfordította a klub szerencséjét, és miután több alkalommal is közel jártak a sikerhez, végül a Premier League bajnoki címére vezette az Arsenalt, amiért jutalmul új, jövedelmező szerződést írt alá. Ezzel párhuzamosan Guardiola a múlt szezon végén távozott a City éléről egy kis pihenő kedvéért, miután a klubot bűnösnek találták 114 Premier League-szabály megsértésében. Az Arsenal és a City közötti növekvő rivalizálás ellenére a kölcsönös tisztelet megmaradt a felek között.
Egy 2023-as FA-kupa-mérkőzés előtt Arteta furcsa érzésnek nevezte barátjával szemben versenyezni, de hangsúlyozta, hogy ez nem változtat a barátságukon, és mindketten a saját klubjuk sikéréért küzdenek. Guardiola korábban úgy nyilatkozott Arteta munkájáról, hogy a spanyol szakember óriási hatással volt arra, hogy ő maga is jobb vezetőedzővé váljon.
